Benih melon yang baik akan menghasilkan tanaman melon produktif dan berkualitas. Karena itu sangat disarankan untuk selalu menggunakan benih asli (F1 hibrid).
Benih melon harus disimpan ditempat yang kering dan tempat untuk menyimpan benih dapat dibuatkan rumah pembibitan yang sederhana karena mengingat umur benih hanya selama 10–14 hari, karena untuk melindungi benih tanaman yang masih muda dari terik sinar matahari, air hujan, dan serangan hama maupun penyakit. Alas rumah pembibitan, tempat polibag diletakkan dilapisi kertas koran agar perakaran bibit tidak menembus ke dalam tanah.
Benih melon yang dibutuhkan sesuai dengan luas tanam ditambah 10% untuk cadangan penyulaman. Benih melon memerlukan perlakuan yang lebih sederhana dibandingkan dengan benih semangka non-biji. Hal ini karena kulit melon cukup tipis sehingga tidak memerlukan perlakuan ekstra. Perlakuan untuk benih melon adalah pencucian, perendaman, serta pemeraman benih.
